アレックス
（声：小野大輔）

本名、アレックス・マスターズ。後にアレックス・サマーズに改名。スコットの生き別れの弟。幼い頃に飛行機事故により、お互いに消息不明になっていたが、アレックスのミュータントパワー発動をセレブロがキャッチ。十数年振りの兄弟対面となる。ハワイで育ったためサーフィンが得意。なかなかにいい子であり、特に困る必要は無い。

能力、手から出す破壊光線。それはスコットの物と良く似ている。

エンジェル
（声：鈴木貴征）

第20話から登場。雪のニューヨークにて自らのパワーを人助けのために使っていたが、そこをマグニートーに目をつけられ、罠にはめられてしまう。

だがしかしそのマスクデザインはどうにかならなかったのだろうか？やはり金持ちのセンスは良くわからん。全く困ったものである。

能力、背中に生えた羽を使っての飛行。

フォージ
（声：調査中）

第6話、第26話に登場。元々は1978年当時のベイヴィル高校の生徒であったが、自らの発明した機械により異次元に取り残される。だがカートと共に異次元を脱出。以後はX-MENに協力するようになる。

能力、右手が工具になり、様々な機械を発明する。だが元はといえば、それでとんでもない迷惑をかけていた事を考えると、やっぱり彼も困ったヤツである。

ジャガーノート
（声：佐藤春男）

本名、ケイン・マルコ。エグゼビア教授の義理の兄であるが、エグゼビアをひどく憎む。

能力、ブロブを上回る程の破壊的パワーの持ち主。そのため普段は最高警備刑務所にて仮死状態にされている。なお彼のミュータントパワーは人工的に引き出された物である。その怪力は、誰にも止める事は出来ず、ヘルメットをかぶっている限り、教授の精神攻撃すら効かない。だがそのヘルメットが中華鍋にしか見えないのは、困ったものである。

第9話から登場。

マスターマインド
（声：高瀬右光）

第37話より登場。幻術、催眠術を扱うミュータント。他人の記憶を読んだり改竄する事が出来る。そういった意味では、かなり強いミュータントだと思うんだが、どう見ても小悪党な所が困ったものである。

カリスト
（声：大野エリ）

地下に住むミュータント集団、モーロックスのリーダー。人間を信じておらず、活動はどこかテロ的である。事情はわからんでもないが、困ったものである。

ルシッド（手前）とキャリバン
（声：ルシッド＝新垣樽助）

モーロックスのメンバー。彼らモーロックスは外見が人間と著しく異なるのが特徴。

キャリバンはミュータントの位置を知る事が出来る能力。

下水道に暮らしており、他者と関わらないようにしているあたり、困ったものである。

X23
（声：斎藤恵理）

第41話より登場。ウルヴァリンの遺伝子から、人工的に作られたミュータント。ウルヴァリン同様、全身にアダマンチウムを埋め込まれている。殺人機械として育てられた。自らの「父親」とも言える、ウルヴァリンを抹殺に来たのだが、結局ウルヴァリンに説得され泣き出すなど、やっている事はそこらの不良少女となんら変わり無いあたり、困った娘さんである事は間違い無い。

能力はウルヴァリンとほぼ同等の物を持つと推測される。

メスメロ
（声：高瀬右光）

第25話から登場。ミステリーサーカスを隠れ蓑にし、ジーン達を操りチベットの秘宝の指輪を盗ませた。だが実は彼もまたアポカリプスに操られていただけだった。全く困ったものである。

能力、催眠術を使い、他人を自由に操る。

アポカリプス

古代エジプト生まれの、最強のミュータント。時を越え、現代に復活せんと企む。全人類をミュータント化して、支配しようと企んでいるようだ。

まさにX-MENの最大の敵となるであろう存在だが、シーズン3ラストにいよいよ復活しても、何も言わずにのこのこ歩いていってしまっただけ。全く困ったものである。

X-MEN達、果てはマグニートーまでもが束になっても敵わないほどの能力を持つ。