ウルヴァリンがいなくなった、その情報はエグゼビアの元にも届いた。ジーンにセレブロを使用させ、ウルヴァリンの行方を追うが、手がかりは全く得られず。ただストームとビーストの調査により、どうやらマグニートーが絡んでいるらしい事だけが判明した。

マグニートーがついに動き出した事を知り、困惑するミスティーク。果たしてマグニートーは何を企んでいるのか？

同様にエグゼビアもマグニートーとの決戦が近い事を悟ると、いつもより厳しい訓練を生徒達に課すのであった。だがそのやり方に不満をもらすスコット。しかし教授は今のままではマグニートーに勝てないとし、新しいメンバーをX-MENに入れるのだった。

だがしかしそのメンバーとはブラザーフッドであった！これにはさすがのスコットも当惑し、とうとうスコットはX-MENを離脱するのであった。

その頃、ウルヴァリンは謎の組織の秘密基地に連れて来られていた。実はウルヴァリンをさらったのはマグニートーなどではなく、反ミュータント思想を持つトラスク率いる人間達の組織であった。彼等はミュータントを危険視し、対ミュータント用の秘密兵器を完成させたのだった。そしてウルヴァリンをその実験台にしようと言うのだ…。

その頃、ウルヴァリンの居所をつかんだ教授達は学園を出動する。だがしかしミスティークの策略により、学園は臨戦体制レベル4に。なんとか学園を抜け出したアマラはタバサと合流。さらにスコットに事の顛末を話す。スコットはこの一連の出来事に嫌な予感を覚えるのであった。

ウルヴァリンは対ミュータント用秘密兵器、巨大ロボのセンチネルと闘わされていた。だがその圧倒的戦闘力の前に追い詰められるウルヴァリン。

学園ではとうとう自爆装置が作動し、あと10分で学園が爆発してしまう！

そしてマグニートーも新たな部下を従え、その姿を現わす。そう、決戦の時はすぐそこまで迫っているのであった…。

やはりポイントとなるのは、反ミュータントの人間達でありましょう。今までX-MEN達の敵となっていたのは、ミュータントとかモンスターばかりだったのでありますが、今回はとうとう人間を敵に回す事になるのであります。元々X-MEN達は人間と共存するために闘ってきたのでありますが、その人間を敵に回さなければならないというこの皮肉。そしてそれこそがシーズン2を通じて延々と語られてきたテーマの一つの現われなのではないでしょうか？

ちなみに今回登場したロボット、センチネルも当然原作に出てきます。やはり人間側の対ミュータント用の兵器として開発されたようですね。

そしてそのセンチネルを開発したのが、今回も登場した「トラスク」という人物。やはり反ミュータント派の人間だったのですが、彼は結局センチネルに捕らえられてしまい、センチネル共々自爆してしまいました。

それからセンチネルは実はゲームにも登場。その巨体を生かした破壊力は想像を絶するものがあったのですが…なにしろでかくて、相手の攻撃が当たりやすい…（涙）。

一方教授達はマグニートーを探していたが、どこにも見つからない。だがしかしどうも誰かに見られている気配がしてならない。その時、マグニートーの配下達が姿を現わした！それと呼応するかのようにピエトロはその場を離脱するのであった。そう、全ては罠であったのだ。

学園では爆発まで残り一分を切った。二期生と合流したスコットはなんとか爆発をくいとめようとするのだったが、それが不可能と知ると一斉に逃げだすのであった。そして学園は爆発してしまった…。

一方X-MEN、ブラザーフッド達とマグニートー達の闘いが始まった。その闘いは熾烈を極め、そしてとうとうワンダがマグニートーの居場所に気付くのであった。だがしかしその闘いの様子は、地下のドクタートラスク達にも気付かれてしまったのだ。

マグニートーはその場にいた全員を地下のドクタートラスクの秘密基地へと落とす。囲まれるミュータント達。そしてとうとうセンチネルが姿を現わすのだった！その時、マグニートーは再び彼等を地上へと戻す。そうマグニートーの目的はミュータントの存在を全世界に知らしめる事だったのだ！そうとは知らないX-MEN達とセンチネルの闘いが始まる！

彼等の闘いの様子はテレビを通じて全世界に中継されてしまった。ケリー校長が、ダンカンが、彼等の正体を知り、愕然とする。全てマグニートーの計画通りになってしまったのだ！しかもブロブ、スパイク、ローグ、ビーストがセンチネルの手によって、捕獲されてしまう。

そんな中、復讐を果たそうとマグニートーの元に現われるワンダ。だがしかしそこへセンチネルが現われ、マグニートーはセンチネルの下敷きになってしまう。そして教授は全員に撤退の命令を下すのだった。

しかし学園へ戻ってきた彼等を待っていたのは、学園の残骸であった。かろうじて無事だったスコットはエグゼビア教授に対し怒りを「全てお前のせいだ！」と怒りをあらわにする。そう、実はエグゼビア教授はミスティークの変装だったのだ！事態は最悪の方向へと向かっているのだ…。

え〜…、気を取り直して（笑）、というわけでしてとうとうミュータントの存在が全世界に明らかになってしまったわけであります。果たして人間は彼等を受け入れてくれるのでしょうか？それともやはり人間とも闘わないといけないのでしょうか？その辺りがシーズン3の見所になるのでは？と（勝手に）思っています。

しかし今回は見所だらけですな。前半のミュータント同士のバトル、そして後半のセンチネルとのバトル。どちらも見応えのあるものとなっています。

そんなわけで、マグニートーの新しい配下の、まずはガンビットですが、彼は原作ではX- MENの側についていました。フランス系移民にして、元ニュー・オリンズの盗賊団の一員。ストームの危機をたまたま救った事からX-MEN入りしました。さて実はガンビットと言えば、ローグ。ローグと言えばガンビット（笑）てなもんでして、二人はいい仲なのであります。それを踏まえて今回を見ると、ガンビットとローグの闘いに思わずニヤリとしてしまうでしょう（笑）。ただミュータントの大虐殺に関わった事があるようで、それが原因でローグと喧嘩？したそうです。

もう一人のコロッサス。彼も原作ではX-MENだったのですが、途中でマグニートーの側につきました。さて原作では彼はシャドウキャットと付き合っていた事があるそうで、そう言えば今回もコロッサスとシャドウキャットの闘いがあるね〜なんて思ったり（笑）。

最後はパイロですが、原作ではアバランチと親友だそうです。残念ながら現在では死んでしまったそうですが、その最後の言葉は…なかなか泣かせる物がありますね〜。

コロッサスは映画「2」に登場。学園の子供達を守るカッコイイ役割を演じていましたね。

パイロも映画「2」に登場。最初はエグゼビア学園に属していたのですが、最後にはマグニートーの側につく事に。果たして「3」では彼と闘うことになるのか・・・？

さてさてガンビットとコロッサスはゲームにも登場。ガンビットは出は遅いけど、出ると一瞬で相手に届くという特殊な飛び道具を使用。これで相手を遠くから牽制。近づいたら近づいたで、得意の棒術（アニメでは使わないけど）で相手を叩きのめす、というかなり嫌〜なキャラクターでしたっけ。しかもこいつがまた使いやすいんだ！

かたやコロッサスは重量級という事でお約束のパワーキャラクター。相手の攻撃をくらってもひるまない、というスーパーアーマー能力を有していましたっけ。

その夜、一目を忍んで集結する一同。事態はとにかく最悪だ。人間達によるミュータント狩りまで始まってしまっている。ミスティーク達も加わってなんとか仲間を救出しようと策をめぐらす。そこへチーム・シールドのニック・フューリューが現れ、仲間の囚われている場所を教えてくれる。場所はエリア51！かくして囚われた仲間達を救うべく、サイクロップス達はエリア51へと乗り込んだ！

更に同じ頃、タバサ達二期生を中心としたメンバーは、地下下水道で謎のミュータントと遭遇する。果たして彼らの正体は…？

一方ワンダとトードは別行動を取り、マグニートーの生死を確認に。そしてとうとうマグニートーが死んではいない、という事を突き止める。果たしてマグニートーはどこへ行ったのか？

ミスティークをリーダーとして、エリア51内にて仲間の救出作戦を実施する一同。兵士に気づかれてしまうも、なんとか無事に全員の救出に成功！だが脱出の際に、サイクロップスはミスティークに教授の居場所を吐かせようと画策するも失敗。哀れミスティークは逃げ損なってしまったのだった…。

ミュータントの存在が白日の下に晒されてしまった今、X-MEN達はどうすればいいのか？そして行方不明の教授の運命やいかに？

だけど逆に救出劇が今回一回で終わってしまうのが、ちと物足りないと言えば物足りないでしょうか？その分、密度は濃いからいいんですけどもね。

同じ頃、身を潜めていたサイクロップス達はテレビに注目していた。議会のミュータント対策聴聞会にストームとビーストが乗り込み、ミュータントへの理解を訴えていたのだ。だが議会の人達の反応は良くないようだ。

そこへウルヴァリンとローグが帰ってくる。だがしかし軍のヘリにつけられたままだ。ウルヴァリンは戦おうとするが、サイクロップスはただ追い払うに留めたのだ。「教授ならそうするはずだ」と言って。作戦は成功したが、意見の対立からウルヴァリンは一時的にチームを離れる事に。

一方その頃、あのジャガーノートが脱獄してしまい、街で破壊の限りを尽くしていた。そしてとうとうダムを破壊せんとしていた。もしダムが破壊されれば、莫大な被害が出てしまう！

サイクロップス達は、ジャガーノートを止めるべく立ち上がる。たとえそれで自分達の存在があからさまになってしまったとしてもだ。激しい戦闘の末、一同はジャガーノートを打ち破る。その様子はテレビにて中継され、とりあえず人々の理解を得るのに役に立ったのだった。

ジャガーノートの記憶を吸収したローグから、エグゼビア教授がジャガーノートの囚われていたカプセルにいる事が判明。無事に教授を救い出した。ウルヴァリンも戻ってきて、サイクロップスの事を認めるのだった。

なわけで今回の見所は、やはりジャガーノートとの闘いでしょうか？本来ジャガーノートは教授がいなければ止められない存在なのですが、それを教授抜きでどうやって撃退するのか？まさにそこが一番のポイントですね。

それから今回注目すべきはサイクロップスことスコットでしょうか？シーズン1,2の頃は、X-MENのリーダーとは言え、まだまだ高校生としての未熟な部分が感じられました。だけど今回、教授が行方不明となりまた学園が爆破され、最大のピンチを迎えるのと同時に、精神的にもかなり成長したようです。今後の活躍が楽しみですね。

あとストームとビースト、一体どうやって無事に議会に侵入したんでしょうか？絶対途中で止められると思うんだけどなぁ…。

あと皆でテレビを見るシーンで、シャドウキャットがナイトクローラーの体内を透過するシーンがあるんですが、その時のナイトクローラーのセリフ
「ボクの陣地に入るな！」が
「ボクのチ×チ×に入るな！」
と聞こえてしまったってのはナイショです（笑）。